论文免费查重软件使用限制包括但不限于：1.免费次数有限，超出次数需要付费；2.部分功能可能被限制使用；3.需要注册账号并遵守软件使用协议；4.部分免费软件对文本长度或格式有要求。

在使用论文免费查重软件时，用户需要注意遵守软件的使用规定，避免超出免费限制造成不必要的费用支出。同时，用户还应该注意保护个人隐私信息，避免泄露敏感信息给第三方软件。建议在使用前详细阅读软件的用户协议和相关规定，以免违反规定导致不必要的麻烦。